Die Zeitschrift erschien von 1889 bis 1907 mit jeweils sechs Heften im Jahr.
Sie wurden auf Initiative von Forschern und Heimatforschern aus dem süddeutschen insbesondere dem bayerischen Raum gegründet. Herausgeber war Julius Naue.
Der inhaltliche Schwerpunkt der Zeitschrift lag in erster Linie auf Berichten über vorgeschichtliche Ausgrabungen und Funde in Bayern, aber auch im gesamten süddeutschen Raum. Diese Berichte sollten von möglichst viel Bildmaterial begleitet werden. Darüber hinaus wurden in den "Prähistorischen Blättern" wissenschaftliche Abhandlungen aus dem Bereich der Vorgeschichte, wie auch Buchbesprechungen und Anzeigen veröffentlicht.